採便容器は殆んどが緩衝液入りプラスチック容器で、指定のスティックで便を採取する。採取方法は便の表面の複数箇所を採取してスティックごとその容器に保存する。ヘモグロビンは高温で分解・変性が生ずる。また、便中では腸内細菌・プロテアーゼで分解されるため、排便後、速やかに採取し指定容器に保存する。保存は冷所、長時間になる場合は凍結保存する。検診マニュアルには"検体を適切に扱わないと偽陰性の結果につながる"と警告している。女性では生理中の採便は血液混入の恐れがあるため行わない。採便量は指定容器添付説明書の指示に従う。